Défi RFE : comment coordonner logiciel d’achat, expert-comptable et plateforme agréée ?

Avec la réforme de la facturation électronique (RFE), le circuit facture électronique ne concernent plus uniquement l’entreprise, son fournisseur et son expert-comptable. Une plateforme agréée (PA) devient désormais un acteur incontournable, ce qui soulève une question essentielle : comment organiser efficacement la validation des factures et les échanges entre les différents intervenants ?

Nous vous expliquons le rôle de l’expert-comptable dans la facturation électronique, les différentes organisations possibles entre l’entreprise, le cabinet et la plateforme agréée, ainsi que les bonnes pratiques pour limiter les traitements manuels.

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Nombreuses entreprises sollicitent un expert-comptable pour leur conformité RFE

L’expert-comptable est pour beaucoup d’entreprise le lien permettant d’être conforme aux exigences de la RFE. Ils ont proposé leurs Plateforme Agrée à leurs clients. Cette évolution s’inscrit dans une tendance déjà bien installée.

• 70 % des jeunes entreprises rencontrent des difficultés de gestion comptable durant leurs premières années (rapprochements, TVA, justificatifs…).
• Sans surprise, 77 % des entreprises françaises font appel à un expert-comptable.

Avec la RFE, son rôle dépasse désormais la simple production des comptes. Selon le baromètre de la facturation électronique 2026 :

• 61 % des chefs d’entreprise considèrent leur expert-comptable comme leur première source d’information ;
• 78 % jugent son accompagnement déterminant pour réussir la réforme.

Pourtant, beaucoup d’entreprises ne sont pas prêtes

Malgré l’approche des échéances, de nombreuses PME accusent encore du retard.

• Seulement 35 % ont déjà choisi leur plateforme agréée, alors que celle-ci est indispensable pour recevoir et transmettre des factures électroniques.
• 42 % déclarent même ne connaître aucune plateforme agréée.

À l’inverse, 62 % ont commencé leur projet de mise en conformité et attendent principalement de leur cabinet un accompagnement dans le choix de la PA et une formation des utilisateurs.

Lire notre ressource sur :

« Comment choisir sa plateforme agréée ?  »

RFE 2026 : les premières difficultés

En 2026, l’obligation ne porte que sur la réception des factures électroniques : il est possible de confier cette réception à la PA de son expert-comptable sans interfaçage avec son logiciel de gestion.

C’est une solution jouable pour les TPE et petites PME, sans trop de ressaisies — mais elle ne permet pas d’automatiser le rapprochement des factures d’achat avec les commandes ou les réceptions de marchandises. Il faudrait que les entreprises prennent le temps d’aller sur leur plateforme régulièrement pour voir les factures d’achat et que l’expert-comptable les relance si les factures n’ont pas été traitées (validée, refusée, payées…).

2027 : le nouveau palier plus complexe

À partir de 2027, l’obligation s’étend à l’émission des factures (e-facturation) et à l’e-reporting pour les TPE/PME. C’est alors l’entreprise elle-même qui doit produire ses factures électroniques. La situation change de nature, et il devient préférable de disposer d’une solution de gestion interfacée directement avec la plateforme agréée (comme SIMAX, par exemple), sous peine de multiplier les traitements manuels et chronophages.

Mieux vaut donc anticiper dès maintenant et abandonner les factures réalisées sous Word, Excel ou avec un logiciel maison.

Avec ce calendrier serré, comprendre comment organiser concrètement la circulation des factures entre votre entreprise, votre expert-comptable et la PA devient une priorité.

Le circuit de la facture électronique entre logiciel d’achat, experts-comptables et PA

Avec la RFE, chaque facture électronique suit désormais un circuit structuré. Les données ne transitent plus uniquement entre un fournisseur et son client : elles passent également par une plateforme agréée (PA) qui garantit la conformité des échanges. Il y a donc un choix à faire :

• Soit l’entreprise reçoit et traite pour valider les factures d’achats et les transmet ensuite à son expert-comptable ;
• Soit l’expert-comptable reçoit et traite et les transmet à l’entreprise.

Quelle que soit l’organisation retenue, l’objectif reste identique :

• éviter les doubles traitements,
• sécuriser les données comptables
• et permettre au cabinet d’expertise comptable comme à l’entreprise de travailler à partir des mêmes informations.

Une circulation fluide des factures électroniques améliore la qualité comptable tout en réduisant les risques d’erreur.

Circuit de la facture électronique : quelle méthode choisir ?

Pas de logiciel ? Confier la réception des factures à son expert-comptable

Si votre entreprise ne dispose pas d’un logiciel de gestion des achats ou d’un logiciel de comptabilité, il sera généralement plus simple de confier la réception et le traitement des factures électroniques à votre cabinet d’expertise comptable. Cette organisation reste parfaitement compatible avec la réforme, mais elle implique souvent davantage d’échanges pour valider les factures fournisseurs, rapprocher les justificatifs et compléter les informations nécessaires à la comptabilisation.

Gérer les factures électroniques depuis son logiciel de gestion connecté à une PA

À l’inverse, lorsqu’une entreprise possède un ERP ou un logiciel de gestion connecté à une plateforme agréée, elle conserve la maîtrise de ses processus achats. Les factures électroniques sont contrôlées dès leur réception, les rapprochements avec les commandes ou les réceptions sont automatisés, puis les écritures comptables ou les fichiers Factur-X sont transmis au cabinet. Cette organisation réduit les délais de traitement, améliore la qualité des données et permet à l’expert-comptable de concentrer son intervention sur le conseil plutôt que sur la saisie.

C’est pour cette raison que si vous avez un logiciel de gestion des achats et/ou un logiciel de comptabilité, il est fortement recommandé de vous interfacer vous-même avec la plateforme agréée, de traiter la validation de vos factures d’achat et de transmettre les pièces ou les écritures à votre expert-comptable.

Automatiser le traitement des factures d’achat : l’exemple de SIMAX

Par exemple, chez SIMAX, nous avons un système de rapprochement automatique de la facture avec les commandes ou les produits réceptionnés. Il permet de valider de façon automatique les factures d’achat et de concentrer le travail humain sur les 20 % de factures en écart (tarif différent, frais de port non prévu…). De plus nous pouvons transférer en automatique les écritures comptables ou les Factur-x vers votre expert-comptable via API.