Défi RFE : comment coordonner logiciel d’achat, expert-comptable et plateforme agréée ?

Avec la réforme de la facturation électronique (RFE), le circuit facture électronique ne se limite plus à un simple échange entre un fournisseur et son client. Désormais, l’entreprise, son expert-comptable et sa plateforme agréée (PA) interviennent à différentes étapes du traitement des factures. Comment organiser ce nouveau circuit pour éviter les doubles traitements et fluidifier les échanges ?

C’est un fait : 7 jeunes entreprises sur 10 peinent à gérer leur comptabilité

70 % des jeunes entreprises rencontrent des difficultés de gestion comptable au cours de leurs premières années — erreurs de rapprochement, justificatifs manquants, erreurs de TVA. Ces écueils, souvent liés au manque de temps ou de compétences comptables en interne, poussent un grand nombre de dirigeants à se tourner vers un expert-comptable pour sécuriser leur gestion.

Ce mouvement s’observe d’ailleurs à l’échelle nationale : en 2025, l’observatoire du CNOEC note que 77 % des entreprises françaises — grands comptes et PME compris — font appel à un expert-comptable. Un chiffre qui confirme une tendance de fond : la part des entreprises confiant la tenue régulière de leur comptabilité à un professionnel n’a cessé de progresser, passant de 53 % en 2010 à 43 % en 2014, puis à 58 % en 2019. Et ce sont précisément les structures les plus exposées à ces difficultés de démarrage qui y recourent le plus largement : 61 % des entreprises de 1 à 2 salariés et 59 % des indépendants y avaient déjà recours dès 2019.

Dans ce contexte, la question de l’organisation entre l’entreprise et son expert-comptable devient centrale — et la RFE vient encore renforcer cet enjeu, en imposant de nouvelles règles d’échange des données entre l’entreprise, son cabinet et la plateforme agréée.

Facturation électronique : quel est le rôle de l’expert-comptable ?

Avec la facturation électronique, le rôle de l’expert-comptable s’élargit. Au-delà de la tenue de la comptabilité, il accompagne les entreprises dans le pilotage de leurs flux, la fiabilisation des données comptables et le respect des obligations fiscales et réglementaires. Ses missions couvrent notamment :

• le contrôle et la validation de chaque facture électronique ;
• la sécurisation des données comptables ;
• les déclarations fiscales ;
• le conseil et l’accompagnement du dirigeant dans ses décisions de gestion ;
• la conformité à la réforme de la facturation électronique.

Un rôle de plus en plus reconnu par les entreprises

Selon le baromètre de la facturation électronique, en 2026 : 61 % des entreprises accompagnées considèrent leur expert-comptable comme leur principale source d’information sur la réforme (+13 points), et 78 % le jugent déterminant dans sa mise en œuvre (+21 points).

Nombreuses entreprises ne sont pas encore prêtes pour septembre 2026

Le recours à une PA pour émettre et recevoir des factures est obligatoire pour les opérations domestiques B2B. Pourtant, à quelques mois de l’entrée en vigueur de la réforme, le constat sur le terrain est alarmant : seulement 35 % des entreprises ont déjà sélectionné leur PA — une condition pourtant indispensable pour émettre et recevoir des factures au format électronique — et 42 % n’en connaissent aucune.

62 % déclarent néanmoins avoir engagé un plan d’action ou être opérationnels (+23 points depuis juillet 2025) et attendent de leur cabinet un accompagnement sur le choix de la PA (60 %), le déploiement (61 %) et la formation à son utilisation (61 %).

Lire notre ressource sur :

« Comment choisir sa plateforme agréée ?  »

RFE : Pourquoi 2026 va être simple mais pas 2027 pour les PME et TPE ?

En 2026, l’obligation ne porte que sur la réception des factures électroniques : il est possible de confier cette réception à son expert-comptable, qui la récupère directement via sa plateforme agréée. C’est une solution jouable pour les TPE et petites PME, sans trop de ressaisies — mais elle ne permet pas d’automatiser le rapprochement des factures d’achat avec les commandes ou les réceptions de marchandises.

À partir de 2027, l’obligation s’étend à l’émission des factures (e-facturation) et à l’e-reporting : c’est alors l’entreprise elle-même qui doit produire ses factures électroniques. La situation change de nature, et il devient préférable de disposer d’une solution de gestion interfacée directement avec la plateforme agréée (comme SIMAX, par exemple), sous peine de multiplier les traitements manuels et chronophages. Mieux vaut donc anticiper dès maintenant et abandonner les factures réalisées sous Word, Excel ou avec un logiciel maison.

Avec ce calendrier serré, comprendre comment organiser concrètement la circulation des factures entre votre entreprise, votre expert-comptable et la PA devient une priorité.

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Le circuit facture électronique entre logiciel d’achat, experts-comptables et PA

Avec la RFE, chaque facture électronique suit désormais un circuit structuré. Les données ne transitent plus uniquement entre un fournisseur et son client : elles passent également par une plateforme agréée (PA) qui garantit la conformité des échanges. Il y a donc un choix à faire :

• Soit l’entreprise reçoit et traite pour valider les factures d’achats et les transmets ensuite à son expert-comptable
• Soit l’expert-comptable reçoit et traite et les transmets à l’entreprise

Quelle que soit l’organisation retenue, l’objectif reste identique :

• éviter les doubles traitements,
• sécuriser les données comptables
• et permettre au cabinet d’expertise comptable comme à l’entreprise de travailler à partir des mêmes informations.

Une circulation fluide des factures électroniques améliore la qualité comptable tout en réduisant les risques d’erreur.

Quelle méthode choisir ?

Pas de logiciel ? Confier la réception des factures à son expert-comptable

Si votre entreprise ne dispose pas d’un logiciel de gestion des achats ou d’un logiciel de comptabilité, il sera généralement plus simple de confier la réception et le traitement des factures électroniques à votre cabinet d’expertise comptable. Cette organisation reste parfaitement compatible avec la réforme, mais elle implique souvent davantage d’échanges pour valider les factures fournisseurs, rapprocher les justificatifs et compléter les informations nécessaires à la comptabilisation.

Gérer les factures électroniques depuis son logiciel de gestion

À l’inverse, lorsqu’une entreprise possède un ERP ou un logiciel de gestion connecté à une plateforme agréée, elle conserve la maîtrise de ses processus achats. Les factures électroniques sont contrôlées dès leur réception, les rapprochements avec les commandes ou les réceptions sont automatisés, puis les écritures comptables ou les fichiers Factur-X sont transmis au cabinet. Cette organisation réduit les délais de traitement, améliore la qualité des données et permet à l’expert-comptable de concentrer son intervention sur le conseil plutôt que sur la saisie.

Pourquoi interfacer directement votre logiciel avec une plateforme agréée ?

C’est pour cette raison que si vous avez un logiciel de gestion des achats et/ou un logiciel de comptabilité, il est fortement recommandé de s’interfacer vous-même avec la plateforme agréée, de traiter la validation de vos factures d’achat et de transmettre les pièces ou les écritures à votre expert-comptable.

Automatiser le traitement des factures d’achat : l’exemple de SIMAX

Par exemple, chez SIMAX, nous avons un système de rapprochement automatique de la facture avec les commandes ou les produits réceptionnés. Il permet de valider de façon automatique les factures d’achat et de concentrer le travail humain sur les 20 % de factures en écart (tarif différent, frais de port non prévu…). De plus nous pouvons transférer en automatique les écritures comptables ou les Factur-x vers votre expert-comptable via API.

FAQ

Recourir à un expert-comptable : est-ce obligatoire pour une PME ?

Non. En France, aucune loi n’oblige une entreprise à confier sa comptabilité à un cabinet comptable. En tant que PME, vous pouvez assurer vous-même la gestion de vos comptes, quelle que soit votre taille, votre chiffre d’affaires, votre forme juridique, ou la présence ou non d’un comptable en interne. Le recours à un expert-comptable relève donc avant tout d’un choix de gestion plutôt que d’une obligation légale.

Recourir à un expert-comptable : bonne ou mauvaise idée pour une PME ?

Une PME disposant des compétences nécessaires peut tenir sa comptabilité en interne. En revanche, à mesure que son activité se développe et que les obligations comptables, fiscales et sociales se complexifient, l’accompagnement d’un expert-comptable devient souvent un véritable atout. Une anomalie comptable peut en effet rester invisible pendant plusieurs années avant d’être révélée lors d’un contrôle fiscal, d’un audit ou d’une cession d’entreprise, avec des conséquences parfois coûteuses. La pertinence de cet accompagnement dépend donc principalement de la taille de l’entreprise, de la complexité de son activité, des compétences disponibles en interne et du niveau de sécurité recherché.