Facture électronique et RFE : bilan après septembre 2026 et prochaines étapes

Septembre 2026 devait constituer une première étape dans la réforme de la facture électronique. Cette étape déjà complexe était en réalité la « petite marche » avant la généralisation de l’émission des factures électroniques.

Quelques semaines après cette première échéance, un constat se dessine : si la transition s’est globalement bien passée, de nombreuses entreprises ont encore sous-estimé l’ampleur du chantier.

Le sujet est loin d’être terminé. La véritable étape à préparer est désormais celle de 2027, avec notamment l’émission des factures électroniques, l’e-reporting, la qualité des données et l’adaptation des systèmes d’information.

Septembre 2026 : une transition globalement réussie, mais préparée tardivement

La réforme de la facturation électronique a mobilisé les entreprises, leurs équipes informatiques, leurs experts-comptables et les éditeurs.

Pourtant, la préparation s’est souvent faite dans l’urgence.

En juin 2026, 54 % des entreprises ne disposaient pas encore de plateforme agréée (PA). En septembre 2026, 42 % des entreprises auraient encore commencé le mois sans PA.

Ces chiffres illustrent une réalité : malgré les nombreuses communications consacrées à la réforme de la facture électronique, une partie importante des entreprises a attendu les derniers mois pour se mettre en conformité.

Certaines grandes entreprises ont elles aussi rencontré des difficultés à tenir le calendrier initial. Le groupe Enedis a notamment annoncé ne pas être prêt avant octobre.

La transition ne s’est toutefois pas traduite par un blocage généralisé. L’accompagnement de l’administration et une certaine tolérance ont permis à de nombreuses entreprises de franchir cette première étape.

Mais cette relative réussite ne doit pas donner l’impression que la réforme est terminée.

Les éditeurs ont eux aussi dû s’adapter dans les derniers mois

La mise en œuvre de la réforme de la facture électronique n’a pas uniquement demandé des efforts aux entreprises.

Les éditeurs de logiciels et les acteurs de l’écosystème ont également dû intégrer plusieurs évolutions réglementaires et normatives au cours du dernier trimestre.

Parmi les changements ayant nécessité des adaptations :

• le remplacement du SIRET par le SIREN dans certains cas, à la suite d’un flou dans la norme ;
• l’ajout de nouvelles mentions obligatoires, notamment concernant le paiement, les retards de paiement et l’escompte ;
• l’obligation de mieux ventiler certaines informations relatives au paiement et à la TVA.

Ces évolutions tardives ont fortement sollicité les équipes informatiques.

Pour les entreprises qui avaient anticipé la réforme, ces changements ont pu être absorbés. Pour celles qui avaient commencé leur projet au dernier moment, ils ont en revanche ajouté une pression supplémentaire sur les équipes.

Le véritable chantier commence maintenant : l’émission des factures électroniques

C’est probablement le principal enseignement à retenir de septembre 2026.

L’échéance de 2026 n’était que la petite marche. La grande marche concerne désormais l’émission des factures électroniques.

De nombreuses entreprises ont choisi leur plateforme agréée dans le cadre de la préparation de septembre 2026, parfois sur la recommandation ou via la solution proposée par leur expert-comptable.

Cette première étape ne signifie cependant pas que l’entreprise est prête à gérer l’ensemble de ses obligations en matière de facture électronique.

Pourquoi ? Parce que recevoir des factures électroniques et émettre des factures électroniques sont deux problématiques différentes.

L’émission implique notamment de s’interroger sur les logiciels de facturation, les outils de gestion commerciale, les ERP, les données clients, les processus comptables et les échanges avec la plateforme agréée.

Il est donc risqué de considérer que le choix d’une PA suffit à rendre une entreprise prête pour la suite de la réforme.

E-reporting : un autre chantier encore mal compris

Autre sujet encore insuffisamment maîtrisé par les entreprises : l’e-reporting.

Toutes les opérations commerciales ne sont pas traitées de la même manière dans le dispositif de facturation électronique. Les entreprises doivent notamment comprendre quelles opérations entrent dans le champ de la facture électronique et lesquelles relèvent des obligations de transmission de données de transaction ou de paiement.

Cette distinction est particulièrement importante pour les entreprises qui travaillent avec des particuliers.

Une facture adressée à un particulier n’est pas nécessairement une facture électronique au sens de la réforme

C’est un point qui reste encore mal compris.

Les entreprises qui travaillent avec des particuliers — artisans, commerçants, prestataires de services, professions libérales, etc. — peuvent être directement concernées par la réforme, même si elles émettent peu de factures à destination d’autres entreprises.

Le fait qu’une facture soit adressée à un particulier ne signifie pas que l’entreprise est totalement en dehors du dispositif.

La question de l’e-reporting doit donc être étudiée en fonction de la nature des opérations réalisées et du profil des clients.

C’est l’une des raisons pour lesquelles il est important de ne pas attendre la dernière échéance pour analyser ses flux.

Les données SIREN : un travail simple en apparence, mais essentiel

La réforme de la facture électronique repose également sur la qualité des données détenues dans les systèmes d’information.

Chez nos clients, la majorité des entreprises a fait l’effort de compléter et de fiabiliser les données SIREN présentes dans les bases clients et fournisseurs.

Mais ce travail n’est pas terminé partout.

Or, une réforme de cette ampleur ne se résume pas à installer un nouvel outil. Elle oblige aussi à nettoyer, structurer et fiabiliser les données utilisées quotidiennement par l’entreprise.

Les bases clients et fournisseurs doivent notamment être examinées afin d’identifier les informations manquantes, obsolètes ou incorrectes.

Cette étape peut sembler administrative. Elle est pourtant essentielle au bon fonctionnement des échanges électroniques.

Les entreprises qui facturent encore avec Excel doivent agir rapidement

Certaines entreprises utilisent encore Excel pour établir leurs factures ou s’appuient sur des logiciels de gestion développés en interne.

Dans ce contexte, la réforme de la facture électronique constitue un véritable changement de méthode.

Une facture créée manuellement dans Excel ne permet pas, à elle seule, de répondre aux exigences d’un processus de facturation électronique automatisé.

Les entreprises concernées doivent donc désormais se poser une question plus large que celle de la simple conformité : Quel système de facturation voulons-nous mettre en place pour les prochaines années ?

La réponse peut conduire à faire évoluer le logiciel de facturation, le logiciel de gestion ou l’ERP, mais également les processus de validation, de comptabilisation et d’archivage.

La règle sur le refus des factures devra être suivie de près

Autre sujet qui suscite des interrogations chez les entreprises : les modalités permettant de refuser une facture.

La possibilité de refuser une facture sans nécessairement devoir en justifier le motif suscite des inquiétudes dans certaines organisations.

Il faudra désormais observer concrètement comment cette règle sera utilisée dans les échanges entre entreprises et quelles conséquences elle aura sur les processus de facturation et de recouvrement.

Ce sujet illustre une réalité de la réforme : certaines conséquences pratiques ne pourront être pleinement mesurées qu’après plusieurs mois de fonctionnement réel.

Faut-il attendre 2027 pour commencer à émettre des factures électroniques ?

Non.

Attendre la dernière échéance pour commencer à travailler sur l’émission des factures électroniques serait prendre le risque de concentrer en quelques mois des projets qui nécessitent souvent plusieurs étapes :

1. analyser les processus actuels de facturation ;
2. identifier les logiciels concernés ;
3. choisir ou faire évoluer les solutions informatiques ;
4. fiabiliser les données clients et fournisseurs ;
5. intégrer les informations nécessaires à la facturation ;
6. tester les échanges avec les plateformes concernées ;
7. former les équipes ;
8. démarrer progressivement les nouveaux processus ;
9. identifier et corriger les anomalies avant la généralisation.

Le meilleur moment pour commencer l’émission des factures électroniques est donc avant l’échéance réglementaire, et non au moment où elle devient obligatoire.

Une phase de fonctionnement anticipée permet notamment d’identifier les problèmes lorsque les volumes sont encore maîtrisables.

Transformer la RFE en projet de modernisation informatique

La réforme de la facture électronique est souvent vécue comme une contrainte réglementaire.

Elle peut pourtant être l’occasion de faire évoluer significativement le système d’information de l’entreprise.

C’est particulièrement vrai pour les entreprises qui utilisent encore des processus manuels.

Plutôt que de simplement chercher à « subir » la réforme de la facture électronique au moindre coût, il peut être pertinent de profiter du projet pour automatiser davantage :

Facture électronique : les trois enseignements à retenir après septembre 2026

FAQ – Facture électronique et RFE

Conclusion : ne pas attendre la prochaine échéance pour agir

Le bilan de septembre 2026 est finalement contrasté.

La transition s’est globalement bien déroulée, malgré une préparation parfois tardive et une forte mobilisation des équipes informatiques et des éditeurs.

Mais il serait dangereux d’en conclure que la réforme de la facture électronique est derrière nous.

La première étape a surtout permis aux entreprises de mettre en place leur environnement.

La prochaine étape sera plus structurante : l’émission des factures électroniques, l’e-reporting, la qualité des données et l’intégration de ces nouveaux flux dans les systèmes d’information.

Pour les entreprises qui n’ont pas encore commencé, le message est donc simple : n’attendez pas 2027 pour préparer 2027.

La réforme de la facture électronique peut être abordée comme une obligation réglementaire. Elle peut aussi devenir l’occasion de moderniser les processus financiers, d’automatiser les tâches à faible valeur ajoutée et de faire de l’informatique un véritable levier de performance.